目前国内外有很多种学说，但是都不肯定。对于大多数学者所能够普遍接受的是多因素综合作用学说，认为唇腭裂是一种多因素遗传疾病，具体病因可以分为两大类：遗传因素和环境因素，有些临床和实验室的研究工作显示：有些唇腭裂的发生是由于环境原因，有写是由于遗传原因，但绝大多数都是由于遗传和环境两种原因的共同作用造成。
    环境因素。包括母体环境、感染、药物、不良生活习惯以及营养等诸多方面。至于究竟是什么原因能导致唇腭裂，或者说避免了什么原因就可以避免唇腭裂的发生，仍然没有确定的答案。